저도 겪었던 문제인데..윈도우 설치 씨디나 부팅 디스크로 부팅하여
sys c:
해주면 될겁니다. 그런데 문제점은 원래의 윈도우 버전이 부팅 디스크
의 버전보다 높은경우에는 윈도우가 실행이 안되는 경우가 있습니다.
attrib -s -h -r c:msdos.sys
 -라는건 없애준다는 뜻입니다. 리눅스 셸이랑 비슷해보이지만..
하신 후에 msdos.sys를 edit.exe같은걸로 편집하세요..
거기에 버전이 나오는데 숫자를 좀 높여버리면 부팅이 됩니다.
그리고 나서 새로운 윈도우에서 시동디스크를 만들어서 다시
sys c:를 하면 새 버전의 시스템 파일이 완전히 복구되져..