흠.. 두개의 하드에 따로따로 설치해 본 적은 없습니다만.. ^^;
암튼..
  LILO 는..  Linux Loader 의 약자랍니다.
 암튼.. LILO 라는 녀석이 윈도우즈냐, 리눅스냐.. 를 선택해서
부팅할 수 있게 해 주는데요..
윈도우즈를 마스터에 먼저 깔아 놓고, 나중에 리눅스를 깔았다면..
마스터 하드디스크의 마스터부트섹터에 LILO 가 설치되었을
겁니다. 그리고 나서 LILO 가 부팅되면서 슬래이브 하드디스크의
리눅스를 기동시키는 거죠..
  일단.. 윈도우즈가 깔린 마스터 하드디스크 하나만 부팅할 때는
간단히 부팅할때, (LILO:라고 나왔을때,  dos 라고 입력하면
윈도우즈로 정상적으로 부팅이 가능할 것입니다.
- TAB 키를 누르면 linux dos 라고 나올 겁니다. linux 라고
치면 010101010... 과 같이해서이상증상이 나올거구 dos 라고
입력하면 윈도우즈로 부팅..)
   암튼, 마스터와 슬래이브를 동시에 설치한 상태에서...
Linux 로 부팅한 다음에, Linux 의 프롬프트 상태에서,
  lilo -D dos
 라고 입력해 보세요. -D 는 대문자 입니다.  그럼 Default 로
dos(즉 윈도우즈)로 설정이 되는데 이렇게 한 다음부터는
정상동작 할 것입니다.
   근데, 저도 리눅스를 슬래이브 하드에 설치해 본 적이 없어서
자신할 수는 없네요. ^^;
LILO 가 Linux 파티션에서 lilo.cfg 를 읽어 와야 한다면,
이렇게 해도 부팅이 불가능할텐데.. ^^;
lilo -D dos 와 같이 입력할 때, 부트섹터에 기록을 한다면
가능할 것이라고 생각됩니다.
 그럼.. ^^;--이 곳에 서명을 적어주십시오.
-).,(-