아직 저도 확실히는 알지 못하지만 제 경험을 참고삼아 말씀드리죠.
저도 최근에 레드햇8.0 깔았는데, 마찬가지로 윈도우2000 부팅할 때
같은 증상이 있었죠. 제가 지금까지 파악한 바로는 윈도우2000이
리눅스쪽 파티션을 읽으려고 계속 시도하면서 그러는 것 같습니다.
전에 데비안 쓸 때는 그렇지 않았던 것으로 봐서, ext2 파일 시스템으로
설치를 했을 때는 괜찮은데, ext3 저널링 파일시스템과 관계가 있는 것이
아닌가 싶습니다. 제가 아는 게 짧아서 확실히는 모릅니다. 어떤 식으로든
윈도우 2000 으로 부팅할 때 리눅스 쪽 파티션을 숨겨버릴 수 있으면
아마도 괜찮을 겁니다. 저 같은 경우 원래 extended 파티션 쪽에다
레드햇 8.0 설치했었는데, 말씀하신 증상땜에 윈도우2000 을 사용할 수
없어서, 프라이머리 파티션 하나 더 만들어서 리눅스 깔고
부트관리자로 윈도우2000 부팅할 때는 리눅스 쪽 파티션을 숨김으로
하니까 증상이 없어지더군요. 다른 방법도 있겠지만, 저같은 경우는
이대로 쓰고 있읍니다.
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:  안녕하세요.
:  제 컴퓨터 사양은 pentium 3 600Mhz 듀얼 cpu를 달고 메모리는 128M
:  pc 100을 3개 꽂아서 323이고 보드는 타이얀 보드를 쓰고 하드는 씨
:  게이트 40기가를 30기가는 win 200 나머지를 리눅스를 깔았는데.
:  처음에는 파티션을 3개로 나눠서 처음 10기가에 win 200 pro를 깔아
:  서 쓰다가 후에 리눅스를 깔면서 다시 깔지 않고 마지막을 20기가를
:  리눅스를 깔았습니다.
:  그런데 듀얼 부팅할 때 win 200을 실행 했는데 탐색기를 실행하는데
:  디렉토리를 읽는 시간이 너무 느립니다. (4분정도)
:  기다리다가 지쳐 종료한 다음에 다시 실행해도 똑같은 현상이...
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:  이 원인을 아시는 분 답변 좀 부탁합니다.