질문은 장황하게 했는데 해결책은 이외로 한줄도 안되는군요.
 옆 연구실에 리눅스좀 하는 형이 있어 물어봤더니 1분만에 끝났군요..
 "지운다"
 # which java
/usr/bin
이때 /usr/bin 아라 자바 관련 화일들을 삭제
 #which java
/usr/local/bin
다시 /usr/local/bin 아래 자바 관련 화일들을 모두 삭제
 #which java
/usr/local/j2sdk1.3.0/bin
이제서야 제가 원하는 java를 쓸 수 있게 되었습니다.
 이는 java 실행시 상위(?)패스에서부터 검색을 하게 되기 때문이며..
저의 짧은 소견으로는 패스내에서의 순서에 상관없이
/usr/bin, /usr/local/bin , ~ 순으로 검색하는 것 같더군요..
 그럼 읽어주신분께 감사드리며~ 즐플하세요~