아마도 portsentry같은 포트 감시 프로그램이 동작중인것이 아닌가 합니다. 포트 감시 프로
그램이 동작중인 상태에서 데몬을 동작하면 백발백중 동작을 못합니다. lsof명령이 있다면 
확인해보세요. #lsof|grep 3306
아마 다른 프로그램이 그 포트를 사용중이라고 나올테니까요.
없다면 #netstat -anp|grep 3306하셔도 알수 있습니다.
그런 프로그램이 동작중이라면 잠시 동작을 멈추게하고 데몬을 실행한다음 감시프로그램
을 동작시키시면 됩니다. 강제로 죽이시려면 netstat명령의 결과에 pid가 나옵니다.
그 pid를 이용하여 kill -9 pid하시면 강제로 죽습니다.