질문을 읽어 보니까 윈도우즈와 멀티 부팅을 하려고 하시는거 같군요
 이런 경우는 윈98용 부팅 디스크로 부팅을 해서
 c:fdisk /mbr 이라고 하면 부트 섹터에 저장괸 로더가 지워집니다.
 멀티 부팅을 할려면 KLDP에 잘 나오니까 그곳에서 질문하게전에 먼저 문서
 를 검색해보세요..  그러면 수고하세요.