테스트를 못해봐서 제대로 될지는 장담하지 못하겠군요.
 한번 데이타를 가지고 계신 분께서 테스트를 해보시겠습니까... :)
(물론 자료 백업 하시구요.)
 UPDATE table SET tel = CONCAT("033-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^0353-";
UPDATE table SET tel = CONCAT("033-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^03[679][0-9]-";
UPDATE table SET tel = CONCAT("031-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^03[3-5][0-9]-";
UPDATE table SET tel = CONCAT("055-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^05[259][0-9]-";
UPDATE table SET tel = CONCAT("054-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^05[4678][0-9]-";
UPDATE table SET tel = CONCAT("063-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^068[13]-";
UPDATE table SET tel = CONCAT("062-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^06[13689][0-9]-";
UPDATE table SET tel = CONCAT("063-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^06[57][0-9]-";
UPDATE table SET tel = CONCAT("043-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^0414-";
UPDATE table SET tel = CONCAT("041-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^04[156][0-9]-";
UPDATE table SET tel = CONCAT("043-", SUBSTRING_INDEX(tel, '-', -2)) WHERE tel REGEXP "^04[347][0-9]-";--아.지.사.바