배포판마다 다를지도 모르겠는데
저는 (XFree86 4.0) /etc/X11/xinit/xinitrc에
다음과 같은 내용이 있습니다.
  usermodmap=$HOME/.Xmodmap
sysmodmap=/etc/X11/xinit/Xmodmap
 if [ -f $sysmodmap ]; then
    xmodmap $sysmodmap
fi
 if [ -f $usermodmap ]; then
    xmodmap $usermodmap
fi
  이 경우 '/etc/X11/xinit/Xmodmap'이 변경되면 전체 유저의
설정이 바뀔테고, '$HOME/.Xmodmap'이 변경되면 개인 유저의
설정이 바뀌게 될 겁니다.