저도 2000 깔린 상태에서 리눅 깔려고 하다가 삽질 좀(?) 했죠;
 kldp 에 시원하게 나와있더군요.
 간단히 설명하면 다음과 같습니다.
   1. MBR 을 쓰지 않는 dos나 98설치.
 2. linux 설치(이때, lilo를 MBR이 아닌 자기 파티션에 설치해야함.)
 3. windog 2k 설치
 4. linux 부팅,
dd if=/dev/hda2(리눅스 설치 파티션) of=/bootsect.lnx bs=512 count=1
명령을 쳐서 / 에 생성된 bootsect.lnx 를 부트 파티선(98설치된..)에 복사
 5. 2000에서 boot.ini에
 C:BOOTSECT.LNX="Linux" 추가.
    전 이렇게 했는데 다른 방법이 있을지도 모르졍 ^^
 <a href="http://kldp.org/KoreanDoc/html/MultiBoot-KLDP/MultiBoot-KLDP.html" target="blank">http://kldp.org/KoreanDoc/ht
ml/MultiBoot-KLDP/MultiBoot-KLDP.html</a>  위 페이지를 참고하세요 ^^