dd if=리눅스부트파티션 of=부트섹터파일 bs=512 count=1
 형식이니 앞의 if 에는 /dev/hda7 로 하고
of=/bootsect.lnx 로 해보시죠.
 dd if=/dev/hda7 of=/bootsect.lnx bs=512 count=1
 이렇게 만들고서 bootsect.lnx 를 복사하거나 ( 윈도우 mount point 로)
플로피에 복사하고 윈도우 부팅후에 윈도우로 복사를 하던가 하시면
되지않을까 합니다.
(직접 윈도우 파티션안에 bootsect 를 만들지 말고 리눅스에 만들어놓고서...)
 저의 경우 비록 XP 이긴 하지만 잘 되었었거든요.
( 저런 일들이 귀찮아서 System Commander 로 간단히 추가 삭제합니다만. )