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먼저 rpm 패키지를 쓰는 레드햇 계열의 배포판을 사용하시나요? 그런 가정 하에서 방법을 알려드린다면   rpm -qf /bin/ls 이렇게 하면 /bin/ls 는 fileutils 라는 패키지에 포함된 파일이란게 나옵니다. 그러면 여기서   rpm -V fileutils 이런 명령을 내립니다. 원래의 파일에 아무런 변화가 없다면 아무런 메시지가 뜨지 않지만 바뀌었다면 뭐라고 나오게 됩니다. 이런 식으로 원래의 파일이 변조되었는지를 판단할 수 있겠죠. 아니면 ls 에 잘못된 옵션을 alias 로 붙였을 거라고 생각해 볼 수도 있겠습니다만 이럴 확률은 거의 없을 것 같고 혹 궁금하시면 ls 로 확인해 보세요.

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