2000에서 이눅스 네이티브 파티션이 보입니다.
그걸 지우시려면요...
 제어판->관리도구->컴퓨터관리->디스크관리
이렇게 들어가시면 우측에 드라이브들이 보일 겁니다.
그 중에서 리눅스 드라이브에 오른쪽 클릭하셔서
드라이브 문자 지우기를 선택 하시면
탐색기에서 사라집니다.
윈2000에서 완전히 리눅스 파티션을 인식하지 못하게 할 수는 없습니다.
그렇지만 탐색기 같은데서 참조는 못하도록 할 수는 있습니다.
 한번 해 보세요.