저도 멀티부팅때문에 삽질중인데요.
님의경우는 윈도우가 lilo를 날려먹은 경우 같으네요.
kldp에서 퍼왔는데 한번 읽어보세요.
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리눅스 팁 메일링 리스트  (9/9)
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 많은 분들이 리눅스와 윈도그를 하나의 컴퓨터에서 같이 쓰고들 계십니다.
이때 윈도우를 다시 설치할 일이 많은데요. 무식한 윈도우가 lilo를 날려버리죠?
어떻게 할까요? 간단한 방법이 있습니다.
 배포본 CD 에 보면 loadlin.exe 라는 도스용 유틸리티가 하나 있지요?
도스 파티션에 이것을 복사해 놓습니다.
그리고 현재 사용중인 커널 /boot/vmlinuz 도 역시 복사 해놓습니다.
 이렇게 해놓으면 lilo 가 없어져도 도스상에서 loadlin vmlinux root=/dev/hda5
와 같이 하면 간단하게 다시 리눅스로 부팅할수 있습니다. /dev/hda5 는 리눅스가
설치된 루트 디렉토리 입니다.
리눅스로 부팅되면 lilo 만 한번 실행 시켜주면 복구가 되겠죠?
 이와 같은 방법을 알면 리눅스를 먼저 깔든지, 윈도그를 먼저 깔든지 아무 상관이
없습니다.
   .~.   리눅스 한글 팁 프로젝트 - <http://KLTP.kldp.org/>
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  : 윈도우(C)와 리눅스를 각기 다른 하드에 해놓았는데,
: 처음 부팅시 윈도우와 리눅스를 선택해서 부팅하고 싶은데요
: 그냥 나두면 윈도우로 가고 리눅스로 가고 싶을땐 리눅스 라고
: 입력하면 되었었는데
: 이젠 어떻게 된 일인지, 윈도우를 다시 깔았는데,
: 리눅스로 넘어가기 위한 옵션이 없어지고 그냥 윈도우로만
: 부팅이 됩니다.
: 예전처럼 선택해서 부팅되는 것으로 하려면 어떻게 해야 되난요