질문의 내용이 너무 추상적이군요....
 서버를 어떤 용도로 쓰고 계십니까?
 FTP서버? 메일서버? 웹서버?
 FTP서버의 경우, 사용자들이 화일을 많이 올리면 그럴 수 있구,
 메일서버도 스팸이 쏟아지면 그럴 수 있습니다.
 웹서버도 사이트의 자료실을 운영하다보면 금방 다차는 수가 있습니다.
 (특히 와레즈에서 치고 들어오면요...)
 각 디렉터리별로 용량을 체크하시고, 다시한번 질문해 보시는게
 더 현실적인 해결책을 드릴 수 있는 방법일것 같습니다.--천년뒤의 혁명을 위해서...