저역시 똑 같이 하고 사용합니다.
hda : winme
hdb1: linux
hdb5: win2k
  Device Boot    Start       End    Blocks   Id  System
/dev/hda1   *         1       893   7172991    b  Win95 FAT32
/dev/hda2           894      2482  12763642+   f  Win95 Ext'd (LBA)
/dev/hda5           894      1786   7172991    b  Win95 FAT32
/dev/hda6          1787      2482   5590588+   b  Win95 FAT32
  /dev/hdb1   *         1       281   2257101   83  Linux
/dev/hdb2           307       622   2538270    5  Extended
/dev/hdb3           282       305    192780   82  Linux swap
/dev/hdb5           307       622   2538238+   b  Win95 FAT32
 저도 멀티 부팅 때문에 무지 애먹었죠.
근데 지금은 잘 지냅니다.
부트로더는 윈투케의 로더로 부팅합니다.
이 윈투케 로더란 놈이 잘알려 지지 않아서 손은 못대고
그대로 쓰지만 언젠가는 손좀 봐야죠.
처음에 어떤 분의 글을 읽어니 리눅스를 제일 마지막에 깔아라고
하더군요. 근데 lilo가 제대로 작동안길래 이래저래 해보다
포기하고 윈투케를 마지막에 깔아서 윈투케로더를  씁니다.
근데 뭘먼저 깔던 맘대로 하시고 문제는 릴로를 어디다 설치하느냐
하는 겁니다. 릴로는 mbr이 아닌 first sector of boot partition
에다 설치 해야 릴로가 방해를 않겠죠.
그다음 리눅스 파티션쪽을 부팅가능하게 윈투케의 부터로더에다가
등록을 하면 됩니다. 윈미가 primary 에 설치되다 보니 윈투케의
부터로더도 c에서 찾아야 합니다. 그리고 찾아서 리눅스를
등록하면 간단..
 여기서 끝내면 욕하겠죠^^
아래글은 저의 경우를 들어 설명하니 오해 없으시길..
먼저 lilo파티션 이미지를 만듭니다.
   dd if=/dev/hdb1(리눅스가 설치된 파티션) of=/bootsect.lnx bs=512 count=1
root에 bootsect.lnx가 있을 겁니다. 이걸 hda1, 즉 윈미가 설치
된 루트 디렉토리로 복사 합니다. "mcopy /bootsect.lnx a:" 를
하던 c드라이버(hda1)를 마운트 하던 복사만 하면 됩니다.
그리고 c드라이버 있는 boot.ini를 수정합니다. boot.ini는
시스템 파일이라 숨겨져 있습니다.속성을 변경하세요. 그리고 변경
후에 원래대로 해야 작동합니다. 반드시...
attrib -s -r c:oot.ini ----- hidden, readonly 해제
attrib +s +r c:oot.ini ----- hidden, readonly 설정
 저의 boot.ini입니다. 참고..
 [boot loader]                                                                      
                        timeout=15                                                 
                                                 default=C:                        
                                                                        [operating s
ystems]                                                                           
             C:="Microsoft Windows"                                                    
                                multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(3)WINNT="Microsoft Windows 2000 Profess
ional" /fastdetect                c:ootsect.lnx "linux"   그리고 또하나 알아야 할 경우 리눅스
를 제일 나중에 즉, win2k 다음에 설치할경우 부터로더에서 win2k로 부팅이 되지 않고 에러
가 나올겁니다.
      `ntoskrnl.exe파일의 부재 또는 파괴' 이런 현상은 리눅스를 2000 설치후에            
            리눅스를 제일나중에 설치했을 경우 2000의 파티션이
변하기 때문에 인식이  불가능 해졌기 때문입니다.해결책
boot.ini파일을 열어서 2000 파티션의 넘버를 변경합니다.
리눅스에서 fdisk해보면 2000의 파티션 넘버를 알 수
있겠죠.저의 boot.ini에서는 partition(3) 부분입니다. 파티션
넘버를 모르겠으면 위의 ()부분의 수자를 될때 까지 바꿔보
세요. 그럼됩니다.
그래도 정 안되면 간단히 다시 깔면 손쉽게 해결됩니다.
그럼 이상입니다.
 : 흠...벅잡하신 과정을 겪었군요..
: 제가 해본 봐로는 원도 98부터 까시고...담에 원도 2000을 까시는게 좋습니다.
: 게다가 하드가 두 개시라니...더더욱 괜찮겠군요.
: 비슷한 계열의 운영체제로 한하드에 까시는게 좋은데요.
: 즉 용량이 좋은 하드에다(애플리케이션 덩치들이 크니까요)원도 98먼저 설치하시고..
: 담에 2000까시고....
: 다른 하드에다 리눅이를 까시는게 좋을거 같습니다.
: 한하드에 같은 계열들을 섞는게 좋습니다...하드가 생각보다 잘 날라가더라구요.
: 특히 이것 저것 다해보는 사람들은 더 그렇죠...
: 그리고 이렇게 할 경우 부트로더가 문젠데...플로피로 깔끔하게 부팅해내는 방법도 있습
: 니다만.. 그렇게 하는 것보단..바이오스에서 하드 부팅 순서를 hdd-0로 해 두시고~
: 하드렉을 하나 구입하십시요. (만원에서 2만원선입니다.)
: 프라이머리 마스터에 하드렉으로 분리 가능한 리눅스 하드를 설치하시고
: 서컨드 마스터에 원도 하드를 달아 두시면 좋을거 같네요.
: 리눅스로 부팅할땐 하드를 렉에 쑥 집어놓고 부팅하시면 되겠죠.
: 물론 다른 방법들도 있습니다.
: 이것 저것 고민을 해봤는데...
: 저 방법이 젤 좋은 방법인거 같습니다.
:
: : 자꾸 올려 미안하지만,
: : 저같은 다른 초보에게 나중에 유용한 자료로 쓰이길 바라는 맘에서....
: : 저도 할만큼 해봤기에 실례를 무릎쓰고 올리니 제발 욕하지 마시길....
: :
: : 문제는 제가 15기가 하드가 두개인게 맘에 걸리는데 일단 읽어주세요.
: :
: : 첨에 설치시....
: : 하드1(primary master)에 C, D, E로 잡고 D에 윈98깔고, C에 윈2000서버깔고
: : 하드2(primary slave)에 통째로 리눅스서버를 깔았슴다. 글 순서대로 설치
: : 함.
: : 문제는 리로 부팅후 다시 윈도 멀티부팅에서 윈2000서버로의 부팅은 잘되는
: : 데 윈98로의 부팅은 진행되다가 멈추더군요....그래서 날밤샜습니다.
: :
: : 다시 용기를 내어
: : 하드1(primary master)에 C, D로 잡고 C에 윈98, D에 윈2000서버를 깔고
: : 하드2(primary slave)에 리눅스를 통째로....글 순서대로 설치함.
: : 문제는 리로 부팅후 윈도우는 다 부팅이 안되네요....그래서 또 날밤샜습니
: : 다.
: :
: : 마지막 용기를 내었습니다.
: : 하드1(p.m)에 C, D로 잡고 C에 윈98깔고, D에 리눅스를 깔았습니다.(즉, 하
: : 나의 하드에 리눅스가 깔린게 위와 다르죠....)
: : 하드2(p.s)에 E, F로 잡고 E에 윈2000을 깔고 F는 프로그래밍용으로 쓸거니
: : 일단 넘어가고....
: : 이번엔 뭐가  문제인지 모르겠지만 중간중간 별 이상한 에러들이 다 생기네
: : 요....결국 포기상태.....ㅠ.ㅠ.....
: :
: : 이정도면 초짜로서 할만큼 했다고 보잖습니까? 고수님들....
: : 솔직히 새로 맘먹고 깔때마다 15기가 2개를 로포맷하고, 파티션나누고, 다
: : 시 포맷한 시간만 잡아도 한나절은 갔습니다......그게 3번이면...ㅜ.ㅜ
: :
: : 그리고, 어떤분은 윈98, 윈2K서버, 리눅스순으로 해도 문제 없다하고,
: : 어떤분은 윈98, 리눅스, 윈2K서버순으로 설치해라 하고.....
: : 도대체 어떻게 해야....ㅠ.ㅠ
: : 난 위의 두가지 다 해봐도 안되잖아요....ㅠ.ㅠ...ㅠ.ㅠ
: :
: : 물론 kldp의 멀티부팅 관련 글도 읽어 봤는데....뭐가 뭔지 알아야죠....
: : 누구 한번 속 시원하게 답해줄수 없나요? 정녕?
: :
: : 참고로, 하드15기가 두개, 래드햇 6.0영문버전을 깔려구요.
: : 래드햇6.1도 있긴 한데....
: :
: : 그럼, 친절한 답변을 기다리며.....잠도 안잘거야....ㅠ.ㅠ
: :
: : 꼭 답변부탁합니다......꾸벅
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: 이즈의 무희