글쎄요...
도움이 될까 모르겠습니다.
제가 아는 바로는 NT 4.0 때부터 보자면 예를 들어 그래픽 카드 같은 것을
아무런 조치도 취하지 않은 채 그냥 바꿔버리면 NT가 맛이 갔었습니다.
적절한 방법은 VGA driver를 standard로 바꾸어 놓고 시스템을 셧다운
시키고 그 다음 카드를 바꿔줘야 이상이 없지요.
 님도 그런 비슷한 경우가 아닐까 합니다.  VMWare는 windows에게 가상적인
하드웨어 환경을 만들어 줍니다.  VMWare-Tools를 보면 아시겠지요.
예를 들어 내가 가지고 있는 VGA 카드가 MGA 400 이라고 해도 Windows는
MGA 400으로 보지 않는다 이겁니다.
 님은 이전에 설치한 윈도우즈를 그냥 VMWare로 부팅시켰다고 했는데 제가
보기엔 그러한 드라이버 쪽에서 문제가 발생한 것 같습니다.  VMware로
Windows를 사용하실려면 특히 Physical Drive를 이용할 경우에도 가급적
Windows를 다시 설치해주어야 하지 않을까 합니다.
 물론 어떤 쪽에서 문제가 발생했는지를 파악할 수 있다면 그냥 윈도우즈로
부팅한다음 그 드라이버를 제거하고 리눅스 쪽에서 VMWare로 다시 부팅시킬
수도 있겠지요.
 다른 좋은 방법을 아시는 분은 좀 알려주세요. ^^