저도 잘알지는 못하지만...
/etc/lilo.conf를 편집해보느게 어떨런지여...
저도 파티션 여러개 나눠놓고 lilo 설치하니까
dos부분 엉뚱한 파티션으로 되어있더군여...(hda3에 win이 있는데
hda1으로 되어있어서리..) 그래서 고쳐줬더니 됐어여...
님도 그렇게 한번해보시는게...
 그리고 기초적인 이야기지만 가끔 모르시는 분들이 계셔서
lilo.conf 편집하고 /sbin에 있는 lilo 실행 시켜줘야지만 바뀜니다..
그리고 reboot해보세여...
잘되기를 기원합니다.