설치해 보세요. grub이나 lilo를 MBR에 올리지 말고 해당 파티션에 설치한 후 nt loader를 이용해서 부팅해 보세 요.
GRUB 이나 LILO 를 리눅스 파티션에 설치하고 NT 로더의 boot.ini 에 항목을 추가하면 MBR 을 건드리지 않고 두 OS 를 고를 수 있습니다. 설치 후 boot.ini 의 리눅스 항목 경로가 맞는지 확인하세요.