nosuid, nodev 는 보통 문제가 없습니다. 하지만 noexec 를 홈 파티션에 걸면 그 안의 CGI 스크립트와 바이너리가 실행되지 않습니다.
PHP 같은 모듈 방식은 읽기만 하므로 영향이 없고, 홈에서 CGI 를 쓴다면 noexec 는 쓰지 마세요.