저도 비슷한 문제 때문에 좀 삽질을 했던 기억이 나네요 ㅠ_ㅠ
 mysql모니터에 수동으로 접속해서..
 use mysql
select host from user where user='root';
 쳐보심..
아마..
 localhost밖에 없을겁니다..
   jdbc가 유닉스소켓을 지원하지 않아.
localhost로 접근이 안되는걸꺼에용... 그래서..
 update user set host='%' where user='root';
 이런 식으로 해결했습니다..
   물론 루트는 아니었지만-_-;;
루트를 원격접속하게 하는건 왠지 좀 불안하네요..
사용자 하나 만들어서 저런식으로 해주고..
 flush privillages; 치시거나..
아니면.. mysql을 내렸다가 다시 시동해보세용..
     : jsp에서 데이타 베이스로의 접근을 할려고 jsp문
:
: 아이디와 패스워드와 디비명을 적어서 실행시켰는데..
:
: 자꾸 이런 메세지가 뜹니다.
:
: javax.servlet.ServletException: Invalid authorization specification: Access denied for user: 'root@Server' (Using pass
: word: YES)
: root로 접속을 했고(루트이기 때문에 모든 디비 사용가능) 패스워드를 적었는데.. 이렇게 
: 뜹니다..
: 물론 한텀에서 mysql로 접근할때
:
: mysql -u root -p
: password:mypassword
:
: 라고 적으면 실행이 됩니다.
:
: 그냥 mysql -u root
: 하면 Access denied for user라고 뜹니다.
:
:
: 분명 제가 mysql에서 권한 설정을 잘못해서 이런것 같은데.. 왜 이런가요???