업그레이드할 때 기존 버전을 꼭 삭제할 필요는 없습니다.
그리고 기존 설정 파일은 보통은 *.rpmorig (확실히 모름)
이런 파일로 백업을 해놓게 되어 있습니다만 정 중요하다면
/etc/proftpd.conf 정도를 따로 복사해두면 되겠죠.