음... XF86Setup 이 X 4.* 대에서도 되나 보군요.
 저는 XFree86 -configure 한 다음에
 XF86Config-4파일을 수정하는 방식을 주로 사용합니다만.
 (열어보는 것도 재밌습니다  이런 저런 툴이 없을 땐 이것 밖에 없죠. 
man페이지를 참고해서. 적절히 옵션을 주는 수밖에요.)
  제가 덧붙이고 싶은 건 위의 사항이 아니라.
 윈도우와리눅스를 동시에 사용할 때 화면조정을 하는 방법입니다.
 윈도우에서 모니터를 조정하고 나면 리눅스에서 한쪽으로 쏠리고,
리눅스에서 조정하면 다시 윈도우에서 쏠리는 현상을 방지하기 위해서입니다.
 그런 역할을 하는 툴이 이미 많은 분이 아시겠지만 xvidtune입니다.
 제가 예전에 질답란에 올렸던 것이 있는데 정작 질문 하신 분은
보지 못한 듯한 느낌이 들어 이번 기회에 링크하고자 합니다.
(말을 장난 스럽게 썼지만 도움 되실거라 믿습니다. ㅡㅡ;
 <a href="http://www.linux.sarang.net/board/?p=read&table=qa&no=112961&page=&o[at]=s&o[sc]=a&o[ss]=xvidtune&o[st]=m2"><b
>여기입니다.</b></a>      : 혹시 아직도 고생하시는 분들 많을까봐서... 저의 방법을 알려 드
리겠습니다. : 구식 모니터의 경우, 실패할 수도 있습니다만... 이 방법은 거의 완벽합니다.
:
: 일단 VGA카드의 모델명을 자세히 알아야 합니다...
: 가능하면 VGA카드에 대해서 자세히 조사하십시오.
:
: 그리고 모니터의 수직, 수평주파수의 대역을 알아야 합니다.
: 모니터 사용설명서의 제품규격에 보면
: =========================
: 수평 주파수 : 30 ~ 70kHz
: 수직 주파수 : 50 ~ 160Hz
: =========================
: 이런 식으로 있습니다.
:
: 수직, 수평주파수 대역을 모를 경우에는...
: 모니터 드라이버를 구합니다.
:
: 모니터 뒷면의 모델명을 적어놓고,
: 모니터 제조회사 사이트의 다운로드 페이지에 가보면 모니터 드라이버가 있을 겁니다.
: 그 파일들중에서 .inf 파일등을 메모장으로 뒤지면... 비슷한 숫자들이 있을겁니다.
:
: X서버를 두개 설치합니다.
: 자기 VGA카드에 대한 X서버와, VGA16 서버를 깝니다.
:  >> 절대로 텍스트모드의 xf86config를 하지 마십시오! <<
: X서버 설정은 하지 마시고, 디폴트 X서버는 VGA16서버로 합니다.
: 그리고 XF86Setup를 설치해서 실행하십시오...
: VGA16의 X윈도가 뜨고, X서버 설정이 나올겁니다.
:
: 마우스 설정은 대부분 Microsoft일 겁니다.
: 탭키와 스페이스 바를 이용하여 마우스를 잡으시면 됩니다.
: 키보드는 적당히 비슷한거 쓰시면 됩니다...
:
: 그래픽 카드는 잘 선택하셔야 됩니다.
: 자기가 쓰는 모델명이 없을때는... 심사숙고해서 선택하시기 바랍니다.
: 저의 경우는 ATI RAGEIIc가 없어서 ATI Fury던가? 를 선택하니까 되더군요.
:
: 모니터의 경우는... 리스트중에서 고르게 되어 있는데,
: 리스트는 무조건 무시하고, 직접 숫자를 입력합니다.
: 30-70, 50-160, 이런 식으로 입력합니다.
:
: 나머지는 대충대충, 잘 생각하셔서 입력하시면 됩니다.
: 삽질을 조금 해보신 유저라면, 정말 쉽게 X를 잡으실 수 있을겁니다.
:
: 설명이 부실하거나, 수정해야 되는 부분이 있으면 지적해 주셨으면 합니다.
: 담주 월요일 쯤... 또다른 컴퓨터에서 X설정 하게 될거 같습니다... ;
:
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: 생선보다는, 낚시하는 법을...
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 음... 컹커 괘안네...