안녕하세요. 루나틴입니다. :)
 무어라고 확답을 해드리기는 어렵지만,
일반적으로 checkpassword 프로그램을
$make
$make setup check로 설치하신 후에,
 /usr/local/bin/tcpserver 0 110 /var/qmail/bin/qmail-popup FQDN
/bin/checkpassword /var/qmail/bin/qmail-pop3d Maildir &
 로 실행하시면 됩니다. (재부팅 후에도 사용할 수 있게 /etc/rc.d/rc.local
에 넣어두시면 좋습니다. ^^;)
 그래도 문제가 발생하시면, /etc/passwd 파일을 점검해보시고,
그래도 안되시면 ^^;;;.. 좀 더 구체적인(?) 상황들을 알려주세요.
 즐거운 하루되시고, 반드시 성공하시길..
 ps : 이전에 설치한 부분(pop3 설치 이전의 qmail설치 및 설정)에서 문제가
     있어도 영향을 받을지도 모릅니다. ^^;--Lunatine CZ