JEdit 은 자바 앱이라 한글 입력기와 연동이 잘 안 되는 경우가 많습니다. 자바 실행 옵션의 입력기 설정과 JDK 버전을 확인해 보고, 그래도 안 되면 입력기를 지원하는 다른 편집기를 쓰는 편이 낫습니다.