저의 경우엔 C에 윈도그2000을 깔고, D에 리눅스를 깔았죠.
 근데, 리눅스를 설치하는 동안 LILO설치에서 막히더군요.
NTFS 파일 시스템을 읽지 못하는 건지, 암튼 인식을 못하더라구요.
 LILO가 살아있으면, 윈도그로 들어갈수 없고,
fdisk /mbr로 lilo를 죽이면, 리눅스로 들어갈 수 없고... 
  [질문과 답변]에서 검색해보니,
몇가지 방법이 나와있긴 한데 제가 잘못 설정한건지 되지도 않고
무려 2시간이상을 진땀 뺐답니다.
 결론은 간단하더군요.. --,,--;;
 처음 부팅시 LILO가 뜨면, 윈도2000을 인식못하잖습니까?
 그러면 일단 무시하고, 리눅스로 접속하십시오.
 그리고, 다음 구문을 lilo.conf에 추가 하시고 리부팅 하시면 해결됩니다.
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$vi /etc/lilo.conf
 ...
...
 other=/dev/hda1
      label=Windog2000
      table=/dev/hda
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 각각의 dev파일 경로는 자신의 설정에 맞게 고치시면 됩니다.
  저와 같은 고생을 하시는 분들에게 도움 됐으면 좋겠네요.
 이상 허접한 팁이었슴다~
 --,,--;;