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perl에 대해서 아는게 초보수준이라 질문 사절합니다.
아래 스크립트는 yamail에 있는 tool을 약간 수정했을 뿐입니다.
 이 방법외에 얼마든지 다른 방법이 나올 수 있습니다.
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 --------------filerename.pl-------------------
#!/usr/bin/perl
#
# filerename.pl
# 파일 이름에 빈공백(%20)을 "_"으로 이름 바꾸기
# 작성자 : san2 at linuxchannel.net #
# 사용 방법 :
# chmod u+x filerename.pl
# ./filerename.pl
#
 # 아래는 고쳐야할 부분
  @arr_files = glob("mp3/*3");
#@arr_files = glob("mp3/*.mp3");
  # 이하 고칠 필요 없음
foreach $orgn_files (@arr_files) {
  if (-f $orgn_files) {
     # 공백(s)을 "_"으로 바꾸기
    $refilename = $orgn_files;
    $refilename =~ s/s/_/ig;
     rename "$orgn_files", "$refilename";
    print "$refilename";
  }
}
--------------------end--------------------------..