안녕하세여
 바로 본론으로 들어가서...말씀드립니다.
님이 생각하시는 방법이 맞습니다.
 방법은 두가지입니다.
 1.delpart.exe라는 유틸을 이용하여
  리눅스 파티션과,mbr에 위치하는 lilo를 삭제하는 방법이
  있습니다. 간단하게 삭제가능합니다.
  이 작업을 하신뒤에는 당연히 win98 부팅디스켓으로
  리눅스 파티션을 포맷해주셔야 합니다.그래야 윈2000에서
  사용 가능합니다.
 2.두번째는 윈98 부팅디스켓으로
  부팅하셔서 fdisk /mbr 해주시고 리눅스 파티션을
  포맷해주시면 됩니다. 그렇게 하면 윈2000에서 사용가능합니다.
  간단합니다.
  그럼 좋은 하루 되시기 바랍니다.