조금은 난감하고 포괄적인 질문이시네요....
그리고 님께서 배우실려는 의지는 좋지만 질답란에 문서를 올려달라시는
말씀이나 마찮가지인것같아 그냥 간단하게 설명만 드려볼까합니다.
 참고로 리눅스보안이나 서버에 대하여 자세한것을 아실려면
 http://www.kldp.org 를 가셔서 메뉴얼을 구하시는것이 빠르겠군요...
 그리고 windows 2000 / NT4.0 은
 http://www.devpia.com/    <--데브피아
http://galaxy.channeli.net/janggoon/  <--이순신님 사이트
http://wug.or.kr/  <-- NTusergroup
 그리고 약간은 오해가 있으신것 같은데 물론 배우기는 어려운것만은 사실
이지만 관리의 용의성은 NT 보다 Linux 가훨씬 편합니다.
그리고 도메인 2 개라면 혹 IP 1개가 아니신지.....그럼 다중도메인(버추얼도메인)
을 사용하셔야 하는데 Apache 가 훨신 뛰어난기능을 자랑합니다.
 물론 저는 리눅스와 NT 를 같이 하는사람입니다. 그리고 그에대한 장단점도
자세히 알고 있다고 생각합니다.
님께서 말씀하시는것은 IIS 에서 마우스로만 클릭하여 DNS 서버에 설정을 잡고
IIS 에서 헤더값을 가지고 버추얼 호스팅만 하실수가 있겠지만....
제가 30여군데 호스팅한 결과 많은 문제점을 내포하고 있습니다. 그리고 참고로
윈도우 NT 를 문의하시는 센터에다 전화를 하면 버추얼 호스팅을 하지 말라고
그부분에대하여는 어떠한 책임을 안진다더군요...물론 1번전화걸고 정떨어저서
전화를 걸지 않았습니다. 아마 NT4.0 일때에요....지금도 책에보시면 NT는 버추얼
호스팅에 대하여는 나와있지않더군요....
windows 2000 말입니다.
그러나 도메인 포리스트나 액티브디렉토리 의 관리는 꼭 알아두셔야 할개념
이라고는 생각합니다.
 2개의 IP 가 있다면 위의 사이트만 가셔도 참고할 문서나 질답이 많을겁니다.
 그리고 보안에 대하여걱정을 하시는데 ....윈도우서비스팩 보다는 아파치
보안 모듈들이 훨씬더 빠르게 나오는것으로 알고있고 위의 kldp.org 나
http://www.apache.kr.net/ 에 많은 문답들 또는 문서들을 참조하시면 아마 웬만한 사람은 뚫고 들
어올 수는 없을 겁니다.
 저는 개인적으로 권하고 싶은것은 Windows 를 사용하지 말라는것이 아니라.
혹 DataBase 나 프로그램이 윈도우용밖에 모르셔서 사용하신다면 당연히
윈도우를 사용하셔야죠....MS-SQL 과 ASP 를 사용하시는 분이 Linux를 사용
하신다면 너무나 많은것을 다시시작을 하셔야 하니까...
 그것이 아니라면 Linux로 고생을 하시더라도 서버를 구축을 해보시면
windows 는 쉽게 셋팅할수 있을것이라 생각이 되네요......아무튼
결정는 님의 판단입니다.....(이런 주제넘게 넘 많은 말을 죄송 ^^;)
 결정적으로 저의말은 님께서 배우시고 참고하실려면 문서를 보시고
설정중에 막히는것이 있을때 그때 질문을 하는곳이 바로 질문과 답변
란이 아닌가 하네요....(제가 잘못하는거 아니죠 적수님)
 넘 버릇업다고 생각지마시고 위의 사이트를 참고하셔서 원하시는 서버를 만드시고
만일 문제가 생길때 윈도우계열은 위의 사이트에서 물론 좋은 사이트들이 많이 있습니다.
그것은 님이 찾으셔야 겠지요....
리눅스는 위의 사이트나 또는 적수님과 많은 분들이 강좌를 이사이트에도
올리셨습니다. 참고 하세요...
 간단히 쓰면 될것을 넘 많은 말을 했네요...아무튼 좋은 하루 되세요....
   : 리눅스만 배우는곳에서..
: 마이크로 소프트 사의 프로그램을.. 질문드려도 될지.. 모르겠네요..
:
: 2000 서버도 운영해볼까 합니다..
: 2000 서버에 기능도 많아졌고,,
: 도메인 2개 정도 소유중인데..
: 한꺼번에 관리하기도 약간은 리눅스보다 편할듯해서요.
:
: 리눅스도 편리한점이 있겠지만..
: 초등학교때부터 사용해온.. 윈도우가.. 약간은 편해서 ^^;;
: 리눅스보단.. 윈도우가 너무 불안한듯한 느낌이 많이들지만..
: 제가 서버로 사용할 컴퓨터가.. 1대 뿐이라..
: 1대를.. 24시간 계속 돌려볼까 생각중이거든요..
: 컴퓨터가 넉넉하지 못해서요...
:
: 리눅스도 보안에.. 헛점이 많겠지만..
: 윈도우즈도 보안에 많이 노출 되어 있죠..
:
: 윈도우즈의 여러가지 보안 에 관해서 설명좀 부탁드립니다.
: 감사합니다.
:
: ps : 리눅스 보안에도 여러가지 알려주시면 감사하겠습니다.--서명....흠 ....우리나라도 리
: 눅스같은 운영체제 하나 나왔으면...