님과 비슷한 경험이 있습니다.
하드를 2개 사용했었는데 첫번째에는 윈도를(아니면 않되니까 바보)
두번째에는 리눅를 깔아서 사용했었는데 두번째 하드에 파티션을
조정할일이 있어서 적당히 백업하고 윈도는 백업 않하고
조정했는데 첫번째 하드의 윈도가 날라 가더군요.
몇년전의 일이고 지금도 파티션 조정은 조심하고 있습니다.
  : 안녕하세염... 이번에 리눅스는 첨이라서리...
: 엄청난 결과가 일어났네염..ㅠ.ㅠ
:
: 우선 저는 하드가 3개가 있습니다.
: hda는 파티션을 3개로 나누어서 쓰구여..(여기에 win2000 pro가 설치..)
: (4G 4G 8G로 나누어져 있음..)
: hdb는 통째로(30G), 그리고 hdc도 통째로(4G)로 쓰고 있습니다.
: 어제 wowlinux 6.2를 hda의 두번째 파티션(4G)에 설치를 할려구 했습니다.
: 설치에는 별 문제가 없었습니다.
: 설치할때 lilo를 설치 했구염... 이부분이 문제인데...
: 설명서엔 NT계열에선 LILO를 설치 할땐 MBR에 설치를 하지 말구
: 첫번째 부트 영역(맞남?? ㅡ.ㅡa)에 설치를 하라구 해서
: 그곳을 선택하구 설치를 했습니다. 참.. 부팅 디스켓도 만들구여
: 그런데 다시 재부팅을 하면 바로 윈2000으로 부팅을 해버립니다.
: A에다 부팅디스켓을 꽃아도 마찬가지구염. 몇번을 설치해도 마찬가지더군요..
: 그래서 결국엔... 자포자기로 MBR에 설치를 해 봤습니다...
: 결국은 뜨드군요... V^.^V 그.. 성취감.... 하지만.. 허걱....
: 이번엔 윈도우로 부팅이 안되더군요... 시작할때
: Linux와 win을 선택하는 화면이 나오지만.. ,win을 선택하면
: 그냥 무반응이더군요... 쩝...
: 그래서 다시 리눅스 지우구.. 깔았다 하다 보니...
: 어느센가.. 3개의 하드가.. 즉.. 50G의 데이타가 다
: 날라가 버렸더군요.... 파티션 자체가 다 날라갔더군요...
: 아무래도 linux에서 파티션을 지울때 잘못지운것 같아서리.. 쩝...
: 분명히 hda 만 지웠는뎅. 다른건 왜 날라갔을까나...ㅠ.ㅠ
:
: 암튼...  윈2000프로에서 wow 6.2설치시 주의 사항좀 알켜 주세염
: 제가 놓치고 있는어떠한 것이 있는지만이라도염...
: 그럼 좋은 하루 되세염..